就目前的开采技术而言，基本上无论是哪种方法，都是促使可燃冰中天然气与水的分离，要促使其分离，必然要改变其温度及压力环境，这样就可能会产生一系列不可预知的环境问题，如温室效应的加剧、海洋生态的变化及引起地质灾害的可能。
可燃冰的成分主要是甲烷，甲烷是一种强温室气体，对大气辐射平衡的影响仅次于CO2。
目前探明全球可燃冰储量的甲烷是大气圈中甲烷的5000倍，在开采的过程中，即使如此巨大的甲烷总量哪怕是0.5%进入大气层，对全球变暖的影响也是难以估量的，如果开采中稍有不慎，则必然会加剧温室效应。在海洋中开采可燃冰带来的环境问题更多，一方面甲烷如果直接进入海水中，则会很快发生微生物的氧化反应，从而会改变海水的化学属性，如果大量进入，其氧化过程中会消耗海水中大量的氧气，使得海洋缺氧，这样势必会加速海洋生物的死亡；
另一方面大量直接进入海洋的甲烷还可能会加速海洋气化及海啸，导致海水加速流动及气压卷吸，会严重危害海面船只及作业平台的安全，甚至强对流的海水会直入空中，影响航空及陆地建筑的安全。
在开采可燃冰的过程中，会分解大量的水，这些水会稀释岩层空间，使得地层结构稳定性变差，容易引发地质灾害。
在海洋环境中，无论是减压分解还是激热分解，都会导致海底陆坡区的稳定性下降，严重则会发生海底坍塌，如毁坏海底输电或通信电缆和海洋石油钻井平台等设施。
就目前的开采方法来看，无论是哪种方法都不能单独实施，必须是几种方法的结合，如果使用二氧化碳置换法、化学试剂减压法与其他方法的结合实施，则势必会产生新的问题，这些化学试剂及二氧化碳注入到地下后，会严重污染地下水源。
可燃冰开采会污染海洋吗 扩展
会
可燃冰（或其他任何化石燃料）的开采将导致化石燃料温室气体排放海洋持续增加，更不用说长期依赖化石燃料。
因为可燃冰适合在高压以及低温的环境中，一旦开采出来，就会打破这种状态，温度升高了就会挥发掉，不像煤炭，石油能很好的保存。
